• Solidão - Tanto Naruto Uzumaki quanto Sasuke Uchiha são personagens destituídos de família e amigos por motivos que muitas vezes nem mesmo sabem a princípio. Muitas reflexões são apresentadas sobre a solidão e os meios com os quais cada personagem lida com ela. A maioria dos assuntos deriva diretamente da solidão vívida pelos personagens, como a relação de amizade de Naruto e Sasuke que nunca antes tiveram amigos em outras situações. O tema também atinge outros coadjuvantes da historia, como por exemplo, mas não somente: Sabaku no Gaara sem amigos como Naruto, Orochimaru também órfão, Kakashi Hatake, Haku ou Sai.
• Amizade - Naruto Uzumaki desempenha uma grande importância na vida dos outros personagens, onde ele, através de seu sentimento de amizade, consegue fazer com que as pessoas passem a acreditar nelas e em um futuro melhor, tornando-as pessoas boas.
• Vingança - Sasuke Uchiha nutre um desejo de vingança por parte de seu irmão mais velho, Itachi Uchiha, já que esse chacinara todo a sua família, o Clã Uchiha.
• Poder máximo através do ódio - Muitos personagens afirmam que o verdadeiro poder é somente obtido através do cultivo do ódio, porém o protagonista da série, o Naruto Uzumaki, sempre acaba por lhes mostrar que a amizade está acima de tudo.
• Hierarquia familiar - No Clã Hyuuga há uma divisão entre os membros em: Família (ou Casa) Principal (ou Primária), e Família (ou Casa) Secundária. Onde os membros da Família Secundária devem total obediência para com os da Família Principal, e caso tentem se rebelar são castigados através de um selo que é posto no seu corpo ainda na infância (Ver: Selo do Clã Hyuuga).
• Paixão - Durante a série muitas paixões surgem, criando inclusive richas entre pessoas que eram amigas, porém nenhuma dessas paixões, ou afeições, são realmente concretizadas, ou mostradas na integra.